一般的に業務委託で仕事をする場合の所得税の納付方法は、職種によって決まります。IT分野では業務が多岐に及ぶため、その方法は働き方で大別された後、内容によってさらに細かく規定されます。
まず、会社に雇われて給与が支払われる雇用形態の場合は、源泉徴収となります。これは、所属する会社が他の会社から請け負ったIT業務をこなした場合も同様です。一方で、個人事業主が業務委託でIT業務を請け負った場合、所得税は確定申告しなければなりません。

こうした所得税収取の体制はIT分野に限らず一般的な業務においても変わりませんが、一部の業務の中には請負形態に該当するものであっても、仕事の内容によって源泉徴収すると決められているものがあります。これは所得税法204条によって規定されているもので、仕事をする人の資質や能力を用いて得られた成果物が、業務の委託元に納入された場合、その委託元は所得税を差し引いた金額を報酬として支払うことになっています。そして差し引いた分の所得税は委託元が納めなくてはなりません。
IT分野の業務委託で源泉徴収に該当する内容は、ホームページなどのwebデザインということになります。また、プログラムをデザインした際もこれが適用されますが、別で設計されたプログラムを請負形態で構築した際には適用されません。
このように、IT分野では仕事の内容によって所得税の納付方法が大きく変わってくることになるのです。従って業務の委託元と委託を受ける側は、ITの業務内容について事前に協議して明確化しておくと、将来的に問題が生じる懸念を減らすことができます。
その際に、自身でも源泉徴収について把握することができていれば、よりスムーズに話を進められるでしょう。